Unul dintre principalele ingrediente din apa tonică, chinina, a fost descoperită pentru prima dată de europeni în secolul al XVII-lea și a fost folosită ca remediu pentru malarie. Se crede că indigenii din Peru, Bolivia și Ecuador au introdus extractul călugărilor iezuiți.

Chinina este extrasă din scoarța arborelui andin și are un gust extrem de amar în sine. În Europa, a fost folosită începând cu anii 1640 pentru a vindeca pacienții care sufereau de malarie - chiar și regele Ludovic al XVI-lea al Franței a folosit-o pentru a-și vindeca febra. Întrucât malaria era încă o boală foarte răspândită în secolul al XIX-lea, britanicii din coloniile indiene au încercat să introducă acolo băutura bogată în chinină.

Aceștia au încercat să o facă puțin mai plăcută la gust, adăugând puțin zahăr și apă minerală pentru a crea apă tonică. Începând cu anii 1850, chinina și apa tonică au fost folosite nu doar pentru tratament, ci și pentru prevenire.

Popularul cocktail, gin tonic, poate fi, de asemenea, identificat din acea perioadă.

Conform cunoștințelor medicale actuale, malaria nu se poate trata cu apă tonică, deoarece ar fi nevoie de o cantitate mult mare pentru a obține efectul acesteia. În orice caz, britanicii au contribuit în mare măsură la răspândirea apei tonice și a cocktail-ului gin tonic. Prima apă tonică comercială a fost brevetată în 1858 de Erasmus Bond din Londra.

De atunci, băutura s-a bucurat de o popularitate continuă.